O Departamento de natação do Clube Naval do Funchal abriu as suas portas na Época 1984/1985, com a saída do até então treinador do Marítimo, Professor André Escórcio, e consequente ida deste treinador para a nova secção formada pelo Clube Naval do Funchal. Com ele foram alguns dos nomes mais sonantes que fazem a história da natação do Naval e da natação Regional, entre os quais, Paulo Camacho, Carla Patrícia e Miguel Andrade.

É de referir que inúmeras foram as vezes que obtivemos campeões nacionais, assim como a conquista de inúmeras medalhas a nível nacional. Conseguimos presenças em campeonatos da Europa de Juniores, Campeonatos da Europa Absolutos, Campeonatos do Mundo e uma presença nos Jogos Olímpicos de 1988, em Seul.

Em termos colectivos a equipa masculina permaneceu durante 10 épocas na primeira divisão (entre as épocas 1986/1987 e 1995/1996), enquanto que a equipa feminina esteve na primeira divisão durante 5 épocas (entre as épocas 1986/1987 e 1990/1991).

No que diz respeito à história mais recente, destaca-se as internacionalizações, na época 2002/2003, dos atletas juniores Frederico Silva e Sara Cerdas, bem como o regresso à 2ª Divisão Nacional da equipa feminina, que se encontrava na 3ª divisão desde a época 1999/2000, tendo na época (2003/2004) regressado ao 2º Escalão da natação nacional. A equipa masculina encontra-se na 2ª Divisão nacional desde a época 1996/1997, destacando-se o 2º lugar obtido na época 2002/2003 e o 3º lugar na época 1999/2000.